Al-Rusafa được Nizari Ismailis tiếp quản vào khoảng năm 1140 CE cùng với các pháo đài khác trong vùng lân cận, cụ thể là Masyaf, Khawabi, al-Maniqa và Qulay'a.[5] Pháo đài được xây dựng lại bởi Ismaili da'i (tù trưởng) Rashid ad-Din Sinan vào những năm 1160.[6] Có thể là một pháo đài khác đã đứng ở vị trí của nó trước cuộc chinh phạt Ismaili.[1] Vào tháng 5 năm 1271, Bahri Mamluk sultan Baibars đã bao vây và bắt giữ al-Rusafa từ Ismailis.[7]